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| 中國海洋大學(xué)發(fā)布分子膠數(shù)據(jù)庫MolGlueDB |
| http://www.taolaoge.com 2025年9月11日 來源：華禹教育網(wǎng) |
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近日，中國海洋大學(xué)醫(yī)藥學(xué)院、青島海洋生物醫(yī)藥研究院秦沖教授團(tuán)隊(duì)在國際生物信息數(shù)據(jù)庫領(lǐng)域頂級期刊Nucleic Acids Research（《核酸研究》），在線發(fā)表了題為“MolGlueDB: an online database of molecular glues”（MolGlueDB：一個(gè)在線的分子膠數(shù)據(jù)庫）的研究論文，發(fā)布了國際首個(gè)分子膠藥物數(shù)據(jù)庫。
在藥物發(fā)現(xiàn)領(lǐng)域，分子膠降解劑（Molecular Glue Degraders, MGD）作為一種新興的靶向蛋白降解技術(shù)，正日益受到科研和制藥行業(yè)的關(guān)注。近年來已有20余個(gè)分子膠進(jìn)入臨床試驗(yàn)，展現(xiàn)出巨大應(yīng)用潛力。然而，分子膠降解劑的發(fā)現(xiàn)與理性設(shè)計(jì)面臨巨大挑戰(zhàn)。為推動(dòng)MGD的合理設(shè)計(jì)與開發(fā)，研究團(tuán)隊(duì)構(gòu)建并上線了MolGlueDB，這是一個(gè)開放訪問的網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫，旨在為全球研究者提供全面、可靠的MGD資源。該數(shù)據(jù)庫于2025年初正式上線，可通過鏈接https://www.molgluedb.com/免費(fèi)訪問，訪問量已累計(jì)超過8000次，數(shù)據(jù)下載與導(dǎo)出次數(shù)達(dá)1400余次，充分表明該平臺(tái)已在學(xué)術(shù)界和產(chǎn)業(yè)界獲得積極關(guān)注，成為分子膠研究的重要工具。
圖1 MolGlueDB的整體架構(gòu)與設(shè)計(jì)理念
MolGlueDB的核心價(jià)值在于其大規(guī)模的數(shù)據(jù)整合。研究團(tuán)隊(duì)系統(tǒng)梳理了2001年1月至2025年5月的241篇分子膠相關(guān)文獻(xiàn)，數(shù)據(jù)庫歸納收錄了1840條目，涵蓋1629個(gè)不同的MGD分子、28種E3泛素連接酶招募蛋白以及94個(gè)靶點(diǎn)蛋白。這些數(shù)據(jù)不僅包括MGD的化學(xué)結(jié)構(gòu)，還整合了結(jié)合親和力（如Kd值）、降解能力（如DC50和Dmax）、生物活性（如IC50和EC50）以及物理化學(xué)特性（如分子量、LogP和TPSA）。此外，數(shù)據(jù)庫正逐步擴(kuò)展藥代動(dòng)力學(xué)相關(guān)數(shù)據(jù)，例如ADME（吸收、分布、代謝和排泄）參數(shù)，幫助研究者評估MGD的成藥潛力。這種多維度信息覆蓋，使得MolGlueDB成為從基礎(chǔ)研究到臨床應(yīng)用的橋梁。
圖2 MolGlueDB在線數(shù)據(jù)庫的主頁界面
數(shù)據(jù)庫的功能模塊設(shè)計(jì)合理，支持多種檢索方式。用戶可以通過文本搜索快速查找特定MGD、靶點(diǎn)或E3蛋白；結(jié)構(gòu)檢索功能則包括子結(jié)構(gòu)搜索和相似性搜索，配備在線分子編輯器，便于用戶繪制或修改分子結(jié)構(gòu)進(jìn)行查詢。多維度篩選工具允許根據(jù)靶點(diǎn)、E3招募蛋白、理化性質(zhì)或藥效團(tuán)類型過濾數(shù)據(jù)，幫助研究者高效定位潛在候選物。在人工智能驅(qū)動(dòng)的藥物設(shè)計(jì)中，這些功能可支持機(jī)器學(xué)習(xí)模型的訓(xùn)練和虛擬篩選，加速新型MGD的發(fā)現(xiàn)。
圖3 MolGlueDB數(shù)據(jù)庫頁面
作為一項(xiàng)持續(xù)優(yōu)化的項(xiàng)目，研究團(tuán)隊(duì)將定期更新數(shù)據(jù)庫，納入更多文獻(xiàn)數(shù)據(jù)和新興MGD類型，進(jìn)一步增強(qiáng)對AI輔助設(shè)計(jì)的支持。目前，數(shù)據(jù)庫已整合了高分辨率晶體結(jié)構(gòu)和分子對接模擬結(jié)果，為結(jié)構(gòu)生物學(xué)研究提供可視化工具。未來，隨著更多藥代動(dòng)力學(xué)和毒性數(shù)據(jù)的加入，MolGlueDB有望進(jìn)一步推動(dòng)分子膠降解劑的理性設(shè)計(jì)與藥物發(fā)現(xiàn)。
團(tuán)隊(duì)合影（前排左七為秦沖教授）
中國海洋大學(xué)為本文的第一通訊單位，中國海洋大學(xué)博士后王霄與碩士研究生莊智堯?yàn)槲恼碌墓餐谝蛔髡�，秦沖教授、徐錫明教授和房森彪博士為論文共同通訊作者。該工作得到山東省重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、青島市科技示范工程項(xiàng)目的資助。
文章鏈接：https://doi.org/10.1093/nar/gkaf811
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